【作者】徐偉南 黃蓉梅 劉媛媛 謝路昱 江玉姬 謝寶貴

【機(jī)構(gòu)】福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院福建農(nóng)林大學(xué)菌物研究中心新加坡國(guó)立大學(xué)計(jì)算機(jī)學(xué)院

摘要：rDNA序列中的ITS作為DNA barcoding廣泛應(yīng)用于真菌的系統(tǒng)發(fā)育與物種輔助鑒定,IGS被認(rèn)為可以用于種內(nèi)水平不同菌株的鑒別。食用菌中還沒有完整的rDNA序列的報(bào)道。本研究采用二代和三代測(cè)序技術(shù)分別對(duì)金針菇單核菌株"6-3"進(jìn)行測(cè)序,用二代測(cè)序的數(shù)據(jù)對(duì)三代測(cè)序組裝得到的基因組序列進(jìn)行修正,得到一個(gè)在基因完整性、連續(xù)性和準(zhǔn)確性均較好的基因組序列,對(duì)比Fibroporia vaillantii rDNA序列,獲得金針菇完整的rDNA序列。金針菇rDNA序列結(jié)構(gòu)分析表明,它有8個(gè)rDNA轉(zhuǎn)錄單元,長(zhǎng)度均為5 903bp,有9個(gè)基因間隔區(qū),其長(zhǎng)度有較大差異,3 909–4 566bp。rDNA轉(zhuǎn)錄單元中,各元件的序列長(zhǎng)度分別為:18S rDNA 1 796bp、ITS1 234bp、5.8S rDNA 173bp、ITS2 291bp、28S rDNA 3 410bp?；蜷g間隔區(qū)中,IGS1 1 351–1 399bp、5S rDNA 124bp、IGS2 2 435–3 092bp。金針菇的5S、5.8S、18S、28S rDNA序列準(zhǔn)確性得到轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的驗(yàn)證,也得到系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果的支持。多序列比對(duì)發(fā)現(xiàn),不同拷貝的基因間間隔區(qū)序列(IGS1和IGS2)存在豐富的多態(tài)性,多態(tài)性來源于SNP、InDel和TRS(串聯(lián)重復(fù)序列),而TRS來源于重復(fù)單元的類型和數(shù)量。9個(gè)基因間間隔區(qū)之間,IGS1只有少量的SNP和InDel,IGS2不僅有SNP和InDel,還有TRS。本研究結(jié)果提示,在應(yīng)用IGS進(jìn)行種內(nèi)水平不同菌株之間的鑒別時(shí),需要選取不同拷貝之間的保守IGS序列。 

 

基金：國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(2014CB138302)； 福建省木生型食用菌品種選育與產(chǎn)業(yè)化工程項(xiàng)目(fjzycxny2017010)~~；

 

關(guān)鍵詞：三代測(cè)序; 完整的rDNA; 轉(zhuǎn)錄組; 基因間隔區(qū); 金針菇;