【作者】曹云張延召程抒劼沈文靜寧露徐海根

【機(jī)構(gòu)】南京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院環(huán)境保護(hù)部南京環(huán)境科學(xué)研究所國家環(huán)境保護(hù)生物安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室洛陽師范學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院中國藥科大學(xué)工學(xué)院

摘要：本研究采用生物信息學(xué)方法統(tǒng)計(jì)分析了云芝基因組中SSR位點(diǎn)的數(shù)量、分布及頻率等信息,對云芝基因組中含SSR的基因進(jìn)行了功能注釋,與其他5種傘菌綱真菌(雙孢蘑菇、黑管孔菌、紅緣擬層孔菌、金針菇和鮮紅密孔菌)基因組進(jìn)行了比較。結(jié)果發(fā)現(xiàn)云芝基因組中共有1 224個(gè)SSR位點(diǎn),相對豐度為27個(gè)/Mb,三核苷酸重復(fù)類型分布最頻繁。其中編碼基因序列中包含299個(gè)SSR,僅次于基因間區(qū),但是在非編譯區(qū)、基因間區(qū)和內(nèi)含子中SSR分布更加頻繁。通過與nr數(shù)據(jù)庫比對,485個(gè)含SSR的基因獲得注釋,其中115個(gè)基因通過GO注釋到分子功能、生物進(jìn)程及細(xì)胞組分3類中,108個(gè)基因通過KEGG注釋到新陳代謝、遺傳信息處理、細(xì)胞過程和環(huán)境信息處理4類中。設(shè)計(jì)58對引物主要用于物種鑒定,另外23對引物主要用于活性物質(zhì)代謝研究和輔助育種。與其他傘菌綱真菌相比,云芝所含SSR的數(shù)量及相對豐度較低,并證明SSR數(shù)量與基因組大小無關(guān),而某些特定的重復(fù)類型與GC含量有關(guān)。本研究為云芝的種群遺傳學(xué)及進(jìn)化研究奠定了理論基礎(chǔ)。 

 

基金：國家自然科學(xué)基金(31500455)； 中國博士后面上基金(2015M571663)； 國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(2016YFC1202103)； 環(huán)保部公益性行業(yè)科研專項(xiàng)(201409061)~~；

 

關(guān)鍵詞：微衛(wèi)星; 簡單序列重復(fù); 多孔菌目; 傘菌綱;