【作者】丑天勝 王威 施樂樂 盧園萍 鄧優(yōu)錦 謝寶貴
【機構(gòu)】福建農(nóng)林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院菌物研究中心
摘要：本研究對金針菇Flammulina velutipes的一個RNAi轉(zhuǎn)化子菌株1382R3進(jìn)行了高通量測序,以本實驗室先前獲得的野生型W23基因組數(shù)據(jù)為參考,分析了該轉(zhuǎn)化子的基因插入位點以及拷貝數(shù)。轉(zhuǎn)化子菌株1382R3是通過農(nóng)桿菌介導(dǎo)將fv-hmg1-RNAi載體轉(zhuǎn)化至金針菇菌株并通過PCR檢測篩選標(biāo)記而得到。通過BLAST將轉(zhuǎn)化子測序的reads對外源載體和基因組定位,找到具有基因組序列(GS)和外源載體序列(ES)兩種序列的臨界reads,并據(jù)此使用PERL語言程序成功在轉(zhuǎn)化子1382R3菌株中找到兩個插入位點。對兩個插入位置的序列分析表明:在插入位點1,T-DNA片段部分插入;在插入位點2,T-DNA全部插入到基因組。兩個插入位點都對基因組內(nèi)源基因的表達(dá)造成了一定的干擾。此方法拓寬了高通量測序技術(shù)的應(yīng)用范圍,將其運用到遺傳轉(zhuǎn)化插入位置和拷貝數(shù)的研究中,有利于食用菌的功能基因組及基因工程研究。
基金：國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃(2014CB138302)； 國家自然科學(xué)基金(31470107)；
關(guān)鍵詞：基因組重測序; 農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化; 金針菇; 高通量測序;