【作者】李倩 閆淑珍 陳雙林
【機(jī)構(gòu)】南京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院
摘要：為探討核糖體DNA轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(r DNA ITS)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)在黏菌系統(tǒng)發(fā)育研究中的作用,以黏菌ITS通用引物PHYS4和PHYS5對(duì)絨泡菌目5屬8種黏菌的r DNA ITS進(jìn)行擴(kuò)增和測(cè)序,利用RNA structure構(gòu)建了ITS區(qū)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)模型。結(jié)果表明:ITS1在絨泡菌目黏菌中不能形成一個(gè)緊實(shí)的結(jié)構(gòu),但大部分物種都具有一段穩(wěn)定的螺旋結(jié)構(gòu),可能對(duì)r RNA的成熟具有作用;5.8S r RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)相似,由4個(gè)螺旋組成,主要為兩種類型;基于5.8S r RNA和28S r RNA相互作用構(gòu)建的ITS2的二級(jí)結(jié)構(gòu)模型顯示,它由一個(gè)封閉的多分支環(huán)和至少4個(gè)主要的螺旋組成,其中螺旋IV結(jié)構(gòu)相對(duì)比較保守。由于ITS區(qū)的二級(jí)結(jié)構(gòu)相比核苷酸序列更加保守,因此深入地分析其二級(jí)結(jié)構(gòu)有助于認(rèn)識(shí)其結(jié)構(gòu)與進(jìn)化的關(guān)系。
基金：國(guó)家自然科學(xué)基金(31470143&31170014)； 江蘇省高校自然科學(xué)研究重大項(xiàng)目(12KJA180004)；
關(guān)鍵詞：絨泡菌目; ITS RNA二級(jí)結(jié)構(gòu); 模型; 互補(bǔ)性堿基變化; 分子進(jìn)化;