【作者】王瑩 陳明杰 汪虹 鮑大鵬
【機構(gòu)】國家食用菌工程技術(shù)研究中心 農(nóng)業(yè)部南方食用菌資源利用重點實驗室 上海市農(nóng)業(yè)遺傳育種重點開放實驗室 上海市農(nóng)業(yè)科學院食用菌研究所
摘要：研究利用生物信息學方法對美味牛肝菌全基因組中的SSR位點進行了統(tǒng)計分析,并與其他3種擔子菌基因組(灰蓋鬼傘、裂褶菌、糙皮側(cè)耳)進行了比較。結(jié)果表明,在美味牛肝菌基因組中存在2 732個SSR位點,SSR間的平均距離為17.1kb。73.02%的SSR位點分布在基因組中的非編碼區(qū),并以單核苷酸和三核苷酸重復(fù)類型為主。分布于5?或3?非編譯區(qū)的SSR的相對豐度最高,為86個/Mb,而分布于編碼序列的SSR相對豐度最低,為31個/Mb。同時,高通量篩選出41個長SSR位點設(shè)計引物并通過e-PCR進行了驗證。最后通過與其他3種擔子菌基因組相比,發(fā)現(xiàn)SSR數(shù)量與基因組大小無關(guān),SSR類型都以短重復(fù)類型(單核苷酸至三核苷酸)為主,比較發(fā)現(xiàn)美味牛肝菌基因組中的SSR位點數(shù)量相對較多,密度也較高。
基金：上海市科技興農(nóng)重點攻關(guān)項目[滬農(nóng)科攻字(2011)第1-2號]； 上海市科委重點項目(10dz2212400)；
關(guān)鍵詞：美味牛肝菌; SSR分子標記; 分布規(guī)律;