【作者】劉林 李進(jìn)斌 張悅 蘇源 楊靜 陳夢琪 李成云
【機(jī)構(gòu)】農(nóng)業(yè)生物多樣性與病蟲害控制教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室農(nóng)業(yè)生物多樣性應(yīng)用技術(shù)國家工程研究中心 云南農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院 云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)環(huán)境資源研究所
摘要：病原菌可以利用多種方式激活或者抑制蛋白激酶信號(hào)通路來增強(qiáng)其自身侵染力,在病原物與植物互作初期的信號(hào)識(shí)別和轉(zhuǎn)導(dǎo)中蛋白激酶扮演著重要的角色。已有研究結(jié)果表明灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌)蛋白激酶基因中含有豐富的SSR。作者通過對(duì)灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌)基因組中的89個(gè)蛋白激酶基因的外顯子區(qū)、內(nèi)含子區(qū)、5′-UTR和3′-UTR區(qū)中的SSR進(jìn)行了查找和分析,并對(duì)編碼區(qū)中SSR的擴(kuò)張或收縮對(duì)蛋白結(jié)構(gòu)的影響進(jìn)行了預(yù)測。結(jié)果表明,SSR在基因的調(diào)控區(qū)和編碼區(qū)中的分布是不均一的,且這些基因的外顯子區(qū)、內(nèi)含子區(qū)、5′-UTR和3′-UTR區(qū)中SSR的組成和分布也均不相同;基因的編碼區(qū)中三堿基和六堿基SSR相對(duì)較多,且SSR基序大都表現(xiàn)為GC含量較高,編碼的親水性氨基酸出現(xiàn)的頻率也遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于疏水性氨基酸。通過病菌群體中變異幅度的檢測表明,幾乎所有的SSR序列都存在多態(tài)性。根據(jù)灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌)自然群體中SSR的變化幅度,對(duì)SSR的擴(kuò)張或收縮對(duì)蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響進(jìn)行預(yù)測,發(fā)現(xiàn)SSR的擴(kuò)張或收縮都可能對(duì)蛋白的結(jié)構(gòu)產(chǎn)生影響。這暗示著SSR的變異在致病相關(guān)基因的變異中可能起著十分重要的作用。
基金：國家973項(xiàng)目(No2006CB100202)； 國家自然科學(xué)基金(No30860161/C14)；
關(guān)鍵詞：灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌); 微衛(wèi)星重復(fù)序列; 蛋白激酶; 編碼區(qū); 調(diào)控區(qū);