在福州舉辦的中國(guó)菌物學(xué)會(huì)2024年學(xué)術(shù)年會(huì)上，福建農(nóng)林大學(xué)鄧優(yōu)錦副教授做了題為草菇主栽品種NF-7全基因組分子標(biāo)記的構(gòu)建的報(bào)告分享。
食用菌作為一類具有食藥用功能的大型真菌，在推動(dòng)循環(huán)農(nóng)業(yè)和提高農(nóng)民收入方面發(fā)揮了重要作用，也是脫貧攻堅(jiān)的重要產(chǎn)業(yè)。然而，近年來(lái)隨著品種選育和引種栽培的快速推進(jìn)，食用菌品種名稱的混亂問(wèn)題日益凸顯，“同物異名、異物同名”的現(xiàn)象普遍存在，給食用菌生產(chǎn)帶來(lái)了不必要的困擾，也對(duì)種質(zhì)創(chuàng)新造成了嚴(yán)重的阻礙。
草菇是發(fā)源于中國(guó)最著名的食用菌之一。因其在自然狀態(tài)下草菇生長(zhǎng)在稻草堆中，俗稱“稈菇”(稻草菇)，也被稱為“中國(guó)蘑菇”。作為高溫食用菌和草生食用菌的代表，草菇的栽培周期極短，僅需14天，而備受青睞。因此鄧優(yōu)錦副教授帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)對(duì)草菇主栽品種NF-7進(jìn)行了深入的全基因組分子標(biāo)記研究。他們首先進(jìn)行了草菇NF-7的異核基因組組裝，成功獲得了核A、核B的完整基因組序列以及線粒體基因組序列，并揭示了三者間的比例關(guān)系，從而全面掌握了草菇NF-7的遺傳信息。
在基因組組裝質(zhì)量驗(yàn)證方面，鄧優(yōu)錦副教授采用了多種方法進(jìn)行驗(yàn)證，包括正向驗(yàn)證、反向驗(yàn)證、異核分型驗(yàn)證以及染色體構(gòu)架驗(yàn)證等，確保了基因組組裝的準(zhǔn)確性和完整性。他們還利用Hi-C交聯(lián)信號(hào)揭示了每條染色體構(gòu)架的準(zhǔn)確性，進(jìn)一步提高了基因組組裝的可靠性。
基于全基因組信息，鄧優(yōu)錦副教授開(kāi)發(fā)了一套分子標(biāo)記鑒定流程。該流程通過(guò)將待測(cè)菌株的基因組序列分割成100-bp片段集，并與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，從而計(jì)算出SNP數(shù)量，進(jìn)而實(shí)現(xiàn)菌株的快速準(zhǔn)確鑒定。該鑒定流程具有檢測(cè)準(zhǔn)確性高、操作簡(jiǎn)便等優(yōu)點(diǎn)，可廣泛應(yīng)用于食用菌產(chǎn)業(yè)的品種鑒定和種質(zhì)創(chuàng)新中。
此外，鄧優(yōu)錦副教授還利用該分子標(biāo)記鑒定流程對(duì)菇廠采集的菌株進(jìn)行了鑒定，成功區(qū)分了不同來(lái)源的菌株，為食用菌產(chǎn)業(yè)的種質(zhì)資源管理和品種選育提供了有力支持。
據(jù)悉，由中國(guó)菌物學(xué)會(huì)主辦的“2024年中國(guó)菌物學(xué)前沿論壇，并在同期召開(kāi)中國(guó)菌物學(xué)會(huì)第八屆理事會(huì)會(huì)議及《菌物學(xué)報(bào)》《菌物研究》編委會(huì)”將于12月27日至31日在海南海口舉行。屆時(shí)，鄧優(yōu)錦副教授將再次與大家相聚，并作題為“銀耳異核基因組非對(duì)稱現(xiàn)象及其附屬染色體多樣性分析”的報(bào)告分享，歡迎廣大從業(yè)者參會(huì)交流！
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