在菌種質(zhì)量方面，通過抽檢合格率占47-65%，主要問題體現(xiàn)為總體質(zhì)量低下，雜菌、長(zhǎng)速、不均勻，易出現(xiàn)錯(cuò)種、批量污染、大幅度減產(chǎn)等不良事故。張金霞研究員指出，大規(guī)模生產(chǎn)使用不同廠家菌種可降低菌種風(fēng)險(xiǎn)，同時(shí)表示檢測(cè)合格不等于優(yōu)質(zhì)菌種，合格實(shí)質(zhì)上是最低標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)制約，本質(zhì)問題不能檢出，如活力、抗性等。據(jù)2007-2010年行業(yè)科技項(xiàng)目調(diào)查鑒定，20萬噸以上大宗栽培種類具遺傳特異性的品種343個(gè)，大量使用的每種當(dāng)家品種4-6個(gè)。香菇大量使用品種為939、武香1、135、慶科20、L808，平菇大量使用品種為99、89、亞光1，黑木耳大量使用品種為黑威29、豐收4、延特3、新科1、黑A，品種問題普遍存在：育種者程序不規(guī)范、穩(wěn)定性差、特征特性欠詳，生產(chǎn)者受利益驅(qū)動(dòng)、隨意冠名、隨意引種串種、種源質(zhì)量差，栽培者不切實(shí)際，需求倒逼隨意冠名，加劇品種混亂。例如平菇99曾有42個(gè)同物異名，目前還在增加。 

　　張金霞研究員講到：自2006年《食用菌菌種管理辦法》實(shí)施至今，認(rèn)定品種120個(gè)，含27種（變種）。自2009開始進(jìn)行菌種抽檢，抽檢涵蓋15個(gè)省，抽檢食用菌種類15個(gè)， 品種320個(gè)（次），菌種廠104家（次），抽樣470個(gè)。主要存在利潤(rùn)低，風(fēng)險(xiǎn)大，具備能力的不愿做，不具備能力的大膽做，具有技術(shù)支持能力的科研和大專遠(yuǎn)銷多已不再出售菌種，為違規(guī)生產(chǎn)者提供了市場(chǎng)空間的問題。我國(guó)多省處于無人管理狀態(tài)，甚至生產(chǎn)省仍未管理，未按要求分級(jí)生產(chǎn)，而是購買極少量母種，無限擴(kuò)繁，1.5-2億袋來自核發(fā)生產(chǎn)，占市場(chǎng)總量5-7%，在進(jìn)出口方面，有法不依，按規(guī)定履行程序的很少，特別是進(jìn)口處于失控狀態(tài)，有的經(jīng)林業(yè)部門辦理進(jìn)口手續(xù)。山東、福建、浙江、吉林、黑龍江、上海、北京的省級(jí)認(rèn)定品種總量超過國(guó)家認(rèn)定，認(rèn)定品種的使用并不普遍，存在隨意冠名更名的現(xiàn)象。