平菇菌種的分離：(1)種菇的挑選用作組織分離或孢子分離的平菇種菇，必在抗逆性強(qiáng)的高產(chǎn)群體中挑選出菇早、菇形圓整、柄短、肉厚、大小適中、無病蟲危害，五六成熟(內(nèi)菌膜部分破裂)的菇體作為種菇。
      由于第一潮、第二潮菇較能體現(xiàn)早熟性狀，而且菌棒養(yǎng)分充足、菇體健壯，用其作孢子分離或組織分離，易得到具有本品種(菌株)特征的菌絲體純培養(yǎng)物(菌種)。所以，應(yīng)在第一潮、第二潮菇中挑選種菇。(2)組織分離步驟平菇可采用組織分離法獲得菌種。
      主要步驟如下：第一步，挑選出菇早、菇形圓整、肉厚、大小適中、無病蟲危害、五六成熟(內(nèi)菌膜部分破裂)的菇體作為種菇，采收后裝入無菌紙袋內(nèi)(忌用塑料袋)。
      第二步，在無菌條件下，先用酒精棉球?qū)襟w進(jìn)行表面消毒，然后手持菌柄將菇體撕成兩半，取手術(shù)刀并用火焰滅菌，待刀冷卻后在菌蓋、菌柄交界處挑取米粒般大小的菌肉1塊，移植到事先配制并經(jīng)過滅菌的馬鈴薯瓊脂培養(yǎng)基斜面上培養(yǎng)。
      第三步，在溫度25℃、干燥、避光的條件下培養(yǎng)3~5天，可看到分離物表面長(zhǎng)出白色絨毛狀菌絲，呈星芒狀在培養(yǎng)基上生長(zhǎng)。培養(yǎng)期間，應(yīng)每隔1~2天檢查1次，隨時(shí)淘汰霉菌或細(xì)菌污染的培養(yǎng)物。培養(yǎng)10~15天后，再做1次轉(zhuǎn)管培養(yǎng)，即可得到平菇母種。然后經(jīng)栽培試驗(yàn)，確認(rèn)其可以正常出菇后方可用于菌種生產(chǎn)和栽培。組織分離物獲得的菌種不能直接作為生產(chǎn)用種，這是因?yàn)樯a(chǎn)用種會(huì)數(shù)以千萬倍地繁殖，而分離物未經(jīng)過群體一致性的檢驗(yàn)和種性檢驗(yàn)。即使其親本是優(yōu)良品種，但這個(gè)分離物自身是否完全保留了親本的優(yōu)良性狀，在未做全面檢驗(yàn)和測(cè)試之前，仍是一無所知的。
      目前，對(duì)食用菌菌種的某些生產(chǎn)性狀雖可進(jìn)行室內(nèi)的初步鑒定，但是，作為生產(chǎn)上應(yīng)用種源，完全靠實(shí)驗(yàn)室內(nèi)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)進(jìn)行鑒定和測(cè)試還是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的，還應(yīng)對(duì)于未知性狀的培養(yǎng)物做出菇試驗(yàn)。組織分離物栽培中將會(huì)有何種表現(xiàn)，在做出菇試驗(yàn)前，從理論上預(yù)測(cè)其與親本的差異不會(huì)很大。
      從數(shù)學(xué)概率論上分析，組織分離物的綜合性狀和質(zhì)量水平會(huì)有3種情況：一是與親本相近，但不會(huì)完全相同；二是優(yōu)于親本；三是劣于親本。從生產(chǎn)實(shí)踐中認(rèn)識(shí)到，組織分離的培養(yǎng)物需要有較大的數(shù)量作基礎(chǔ)，才可能獲得優(yōu)于親本的個(gè)體。如果只是隨手做1~2個(gè)或幾個(gè)組織分離，雖然可獲得菌種，但是做出菇試驗(yàn)的結(jié)果多表現(xiàn)性狀不及親本?；谏鲜鲈颍M織分離得到的培養(yǎng)物，未經(jīng)全面鑒定和測(cè)試，不能作為生產(chǎn)用菌種投入使用。