在栽培食用菌的過程中，有時(shí)會(huì)受到某些不良環(huán)境因素的影響，造成生長發(fā)育障礙，產(chǎn)生各種異常現(xiàn)象，導(dǎo)致減產(chǎn)及品質(zhì)下降，即所謂的生理性病害。常見的主要有以下幾種：
　　1、菌絲徒長
　　蘑菇、香菇、平菇等栽培時(shí)均有發(fā)生。在菇房濕度過大和通風(fēng)不良的條件下，菌絲在覆土表面或培養(yǎng)料面生長過旺，形成一層致密的不透水的菌被，推遲出菇或出菇稀少，造成減產(chǎn)。在栽培過程中，一旦出現(xiàn)菌絲徒長的現(xiàn)象，就應(yīng)立即加強(qiáng)菇房通風(fēng)，降低二氧化碳濃度，減少細(xì)土表面濕度，并適當(dāng)降低菇房溫度，抑制菌絲徒長，促進(jìn)出菇。若土面已出現(xiàn)菌被，可將菌膜劃破，然后噴重水，大通風(fēng)，仍可望出菇。
　　2、畸形菇
　　蘑菇、平菇、香菇等食用菌栽培過程中，常出現(xiàn)形狀不規(guī)則的子實(shí)體，或者形成未分化的組織塊。如栽培平菇時(shí)，常出現(xiàn)由無數(shù)原基堆集成的花菜狀子實(shí)體，菌柄不分化或極少分化，無菌蓋。原基發(fā)生后的畸形菇，則是由異常分化的菌柄組成珊瑚狀子實(shí)體，菌蓋無或者極小。蘑菇、香菇常出現(xiàn)菌柄肥大，蓋小肉薄，或者無菌褶的高腳菇等畸形菇。造成食用菌形成畸形菇的原因很多，主要是二氧化碳濃度過高，供氧不足；或覆土顆粒太大，出菇部位低；或光照不足；或溫度偏高；或用藥不當(dāng)而引起藥害等。
　　3、薄皮早開傘
在蘑菇出菇旺季，由于出菇過密，溫度偏高，很容易產(chǎn)生薄皮早開傘現(xiàn)象，影響蘑菇質(zhì)量。在栽培中，菌絲不要調(diào)得過高，宜將出菇部位控制在細(xì)土縫和粗細(xì)土粒之間；防止出菇過密，適當(dāng)降低菇房溫度，可減少薄皮早開傘現(xiàn)象。
　　4、硬開傘
　　當(dāng)溫度低于18℃，且溫差變化達(dá)10℃左右時(shí)，蘑菇的幼嫩子實(shí)體往往出現(xiàn)提早開傘（硬開傘）現(xiàn)象。在突然降溫，菇房空氣濕度偏低的情況下，蘑菇硬開傘現(xiàn)象尤甚，嚴(yán)重影響蘑菇的產(chǎn)量和品質(zhì)。在低溫來臨之前，應(yīng)做好菇房保溫工作；減小室內(nèi)溫差，同時(shí)增加菇房內(nèi)空氣相對濕度，可防止或減少蘑菇硬開傘。
　　5、空根白心
　　蘑菇旺產(chǎn)期如果溫度偏高（18℃以上），菇房相對濕度太低，加上土面噴水偏少，土層較干，蘑菇菌柄容易產(chǎn)生白心。在切削過程中，或加工泡水階段，有時(shí)白心部分收縮或脫落，形成菌柄中空的蘑菇，嚴(yán)重影響質(zhì)量。為了防止這種現(xiàn)象的發(fā)生，可在夜間或早晚通風(fēng)，適當(dāng)降低菇房溫度，同時(shí)向菇房空間噴水，提高空氣相對濕度。噴水力求輕重結(jié)合，盡量使粗土細(xì)土都保持濕潤。
　　6、死菇
　　在蘑菇、香菇、草菇、平菇、金針菇等多種食用菌的栽培中，均有死菇現(xiàn)象發(fā)生。尤其是頭兩潮菇出菇期間，小菇往往大量死亡，嚴(yán)重影響前期產(chǎn)量。造成死菇的原因，一是出菇過密過擠，營養(yǎng)供應(yīng)不足；二是高溫高濕，菇房或菇場通風(fēng)不良，二氧化碳累積過量，致使小菇悶死；三是出菇時(shí)噴水過多，且對菇體直接噴水，導(dǎo)致菇體水腫黃化，潰爛死亡；四是用藥過量，產(chǎn)生藥害，傷害了小菇。
　　7、水銹斑
　　多見于蘑菇。菇房通風(fēng)不良，空氣相對濕度超過95%時(shí)，菇蓋上常有積水，或覆土粒上有銹斑，都會(huì)使蘑菇菌蓋表面產(chǎn)生鐵銹色斑點(diǎn)，影響菇體外觀。避免使用帶鐵銹色的覆土，加強(qiáng)通風(fēng)排濕，及時(shí)蒸發(fā)菌蓋表面的水滴，可防止蘑菇水銹斑的發(fā)生。