菌棒腐爛多發(fā)生在栽培年數(shù)較長(zhǎng)的老菇區(qū)，其根本原因是競(jìng)爭(zhēng)性雜菌入侵感染，故一切誘發(fā)雜菌入侵感染的因素都會(huì)導(dǎo)致菌棒腐爛，歸納起來(lái)有以下幾個(gè)方面。
　　（1）栽培品種抗逆力減弱：抗逆力減弱是品種種性退化的一種表現(xiàn)，這是菌棒腐爛的內(nèi)因。一些品種種植多年，種性退化，菌絲生命力減弱，對(duì)環(huán)境適應(yīng)能力差，抗雜菌入侵能力下降，競(jìng)爭(zhēng)性雜菌就能乘虛而入，引起菌棒腐爛。
　　（2）栽培環(huán)境惡劣：栽培環(huán)境惡劣導(dǎo)致菌絲生長(zhǎng)受阻、抗逆性減弱或衰老死亡、自溶而引起菌棒腐爛。夏季高溫、通風(fēng)不良、消毒藥品使用不當(dāng)、原材料變質(zhì)等因素也能誘發(fā)腐爛。
　　（3）蟲(chóng)害傷害：菇類害蟲(chóng)從通氣孔進(jìn)入菌棒生長(zhǎng)繁殖，直接咬食菌絲體，菌絲體受傷后形成局部高溫、高營(yíng)養(yǎng)環(huán)境，使競(jìng)爭(zhēng)性雜菌入侵感染，形成蟲(chóng)菌交叉感染，導(dǎo)致菌棒腐爛。老菇區(qū)蟲(chóng)口密度高，為害重，爛棒也相對(duì)較為嚴(yán)重。
　　（4）刺孔損傷：栽培過(guò)程中刺孔通氣操作不當(dāng)，刺孔器械（鐵釘、竹簽等）直接刺傷菌絲，導(dǎo)致雜菌入侵感染而發(fā)生腐爛。
　　（5）藥害損傷菌絲或子實(shí)體對(duì)多數(shù)農(nóng)藥都很敏感，易造成藥害損傷。結(jié)果雖治了害蟲(chóng)卻傷了菌絲，菌棒依然腐爛。
　　此外，還有因頑固性寄生菌或病毒直接入侵或干擾，而引起菌棒腐爛的情況。
　　2．菌棒腐爛的防治
　　菌棒腐爛的防治應(yīng)以預(yù)防為主，治療為輔，并貫徹于整個(gè)栽培管理過(guò)程。
　　(1)選用優(yōu)良品種，對(duì)退化品種進(jìn)行提純復(fù)壯。
　　(2)嚴(yán)格按照食用菌栽培技術(shù)規(guī)程進(jìn)行栽培管理
　?、俸侠聿季制贩N。依照當(dāng)?shù)氐臍夂蛱攸c(diǎn)，選擇適宜的品種。
　?、诟愫迷耘鄨?chǎng)地和環(huán)境的衛(wèi)生，上年度廢菌棒要及時(shí)清理；老菇場(chǎng)要噴灑殺菌殺蟲(chóng)劑，減少雜菌污染源，降低蟲(chóng)口密度。
　?、蹏?yán)格控制消毒藥品的用量。目前市面上消毒藥品含有的有效成份都是相同的，用量以每立方米3-4克為佳，切勿超過(guò)6克。
　　④接種口用蠟或膠帶封口，杜絕蟲(chóng)、菌從接種口入侵菌棒。
　?、荽炭淄庖?guī)范操作，鐵釘直徑要小于2毫米，孔深1-1．5厘米，選晴天刺孔，不在瘤狀物處刺孔。
　?、藓侠碇蜗x(chóng)防病。選用高效、無(wú)副作用、無(wú)毒、藥效長(zhǎng)的菇類專用殺蟲(chóng)劑"菇蟲(chóng)凈"在第一次刺孔后噴灑一次，隔兩個(gè)月后再噴一次，就能有效地防治蟲(chóng)害，切不可使用敵敵畏等不宜在食用菌上使用的殺蟲(chóng)劑。
　　(3)及時(shí)對(duì)爛棒進(jìn)行治療：發(fā)現(xiàn)菌棒腐爛現(xiàn)象后，要及時(shí)將爛棒揀出另行堆放，以免菌棒間交互感染，并進(jìn)行下述治療處理：
　　①用干凈刀片切除腐爛部分，用克霉靈等殺菌劑擦洗病斑切口處和薄膜，然后將薄膜復(fù)回，用膠帶封死，防止失水和蟲(chóng)、菌再次入侵。這一操作最好在無(wú)菌條件下完成。
　?、谠诎l(fā)菌初期開(kāi)始爛棒的，應(yīng)果斷進(jìn)行再次菌棒消毒接種(重做)。