在自然界中，空氣、水、土壤、動(dòng)植物體內(nèi)外，以及各種物品上都存在大量的微生物。我們制備食用菌菌種，就是要用有效的方法抑制其他微生物生長(zhǎng)，創(chuàng)造有利于食用菌生長(zhǎng)的環(huán)境條件，這就需要我們?cè)谑秤镁a(chǎn)中對(duì)各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行消毒。消毒分為：低溫消毒、沸水消毒和化學(xué)藥劑消毒三種方法。 
　　1、低溫消毒。
　　低溫消毒就是在60-75度的溫度下消毒。低溫消毒可把大部分微生物的營(yíng)養(yǎng)細(xì)胞殺死，如培養(yǎng)料的發(fā)酵過(guò)程既是一個(gè)低溫消毒過(guò)程，可以有效殺死生料中的有害雜菌及害蟲(chóng)。 
　　2、沸水消毒。
　　沸水消毒就是在沸水中煮沸30-40分鐘，以殺死微生物的營(yíng)養(yǎng)細(xì)胞。若要?dú)⑺兰?xì)菌的芽孢或霉菌的孢子，則需延長(zhǎng)煮沸時(shí)間達(dá)2小時(shí)以上，主要用于金屬接種器具、針筒等的消毒。 
　　3、化學(xué)藥劑消毒。
　　化學(xué)藥劑消毒是利用化學(xué)藥物進(jìn)行殺死微生物的方法。
　?。?）常用于消毒的消毒劑有：用于熏蒸，空氣消毒的主要是37%-40%的甲醛原液；用于噴灑地面、墻壁消毒的有：5%的石碳酸溶液、2%-5%的漂白粉溶液、1%-2%的來(lái)蘇爾、波爾多液（1：1的硫酸銅、石灰稀釋配置成100-200倍的溶液）等。注意操作者進(jìn)入菇房時(shí)盡量將甲醛氣體排盡。
　　（2）用于接種室、器械、菇木表面等消毒劑：接種時(shí)臺(tái)面、器械、菇木表面、接種人員的手等常用70%-75%的酒精消毒，不可用無(wú)水乙醇及95%的乙醇。此外，還可以用5%的甲醛、0.25%新潔爾滅、0.1%的升汞溶液、0.1%-0.2%的高錳酸鉀溶液等進(jìn)行消毒。