食用菌菌種退化是由于菌絲體的遺傳物質(zhì)發(fā)生了變異而造成的。表現(xiàn)為菌種突然或逐漸喪失原有的生活力、豐產(chǎn)性能或部分子實體的形態(tài)改變。菌絲體生長緩慢，在培養(yǎng)基上出現(xiàn)濃密的白色扇形菌落，對環(huán)境條件如溫度、酸堿度、二氧化碳、氧氣、雜菌等抵抗力弱，子實體形成期提前或推后，出菇潮次不明顯等現(xiàn)象。
由于這些退化現(xiàn)象的出現(xiàn)會給生產(chǎn)中造成不少損失，那么采用什么辦法來防止食用菌菌種退化呢？
1、保證菌種的純培養(yǎng)。不用被雜菌污染的菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合或近距離相連接培養(yǎng)。
2、嚴格控制菌種傳代次數(shù)，減少機械損傷，保證菌種活力。
4、避免在單一培養(yǎng)基中多次傳代。沿著合理的代次、母種、原種、生產(chǎn)種不同類型的培養(yǎng)基，有利于提高菌種活力和保持優(yōu)良性狀。
5、菌種不宜過長時間使用。超齡菌種會出現(xiàn)老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現(xiàn)退化。
6、菌種要定期進行復(fù)壯。在適宜的溫度、合適的酸堿度、充足的氧量、適當漫射光、無雜菌培養(yǎng)等條件下進行。
7、每年進行孢子分離，以有性養(yǎng)殖來發(fā)現(xiàn)優(yōu)良菌株，以組織分離來鞏固優(yōu)良菌株的遺傳特性。
