根據(jù)真菌的生態(tài)習(xí)性和營養(yǎng)方式，可分為腐生真菌、共生真菌和寄生真菌3類。
（1）腐生真菌 從死的動(dòng)植物或無生命的有機(jī)物質(zhì)吸取養(yǎng)分的稱為腐生真菌。腐生真菌與動(dòng)物和細(xì)菌共同分擔(dān)著腐爛動(dòng)植物殘?bào)w的任務(wù)，尤其是分解纖維素、半纖維素、甲殼質(zhì)和木質(zhì)素的作用，對碳等元素的自然循環(huán)利用有著重要的意義，但對人類的經(jīng)濟(jì)生活也造成一定的危害。
（2）共生真菌 與活的動(dòng)植物有著互惠互利關(guān)系的稱為共生真菌。其中較為多見的共生真菌與活的植物營養(yǎng)根共生形成菌根。菌根真菌應(yīng)用到植樹造林、培育幼苗、綠化工程等方面均有重要的社會(huì)和經(jīng)濟(jì)效益。
（3）寄生真菌 從活的動(dòng)植物吸取養(yǎng)分的稱為寄生真菌，寄生真菌多數(shù)引起動(dòng)植物病害。寄生與腐生兩者之間還有不同程度的各種中間類型。大多數(shù)真菌在正常的情況下無論是否寄生，都能生活在已死的有機(jī)物上。
根據(jù)真菌的經(jīng)濟(jì)用途還可分為食用真菌、藥用真菌、菌根真菌和有毒真菌。
