菌種是從食用菌子實(shí)體的孢子或組織體的菌絲或基質(zhì)的菌絲體分離得到的。分離得到的菌種叫母種，故菌種分離也叫母種分離。
一、種菇的選擇：選擇出菇早，菇型好，個(gè)頭符合商品標(biāo)準(zhǔn)并且均勻，生長健壯。產(chǎn)量高，無病蟲害，八成熟的子實(shí)體。
二、分離方法：通過無菌操作進(jìn)行孢子分離法、組織分離法、基質(zhì)分離法等。
1. 孢子分離法：取八成熟的良好種菇，去雜物，用75%酒精抹擦菇體，去除菇柄，放入滅菌的器皿內(nèi)備用。用一個(gè)頂部有孔口的玻璃罩，罩下放一張干凈的白紙，白紙上放一培養(yǎng)皿，皿口向上。取一鐵絲、雙層紗布、棉塞備用。以上物品放在一白瓷盆內(nèi)，物品全部經(jīng)滅菌處理。把種菇用鐵絲鉤著菇蓋，菌褶向著培養(yǎng)皿，掛在罩頂?shù)目?，菇體在罩內(nèi)稍接近培養(yǎng)皿為宜。用棉塞、紗布把罩孔封好。連白瓷盆一起在適溫漫射光條件下培養(yǎng)12―20小時(shí)。孢子散出，用接種針或接種環(huán)取單孢或少數(shù)幾個(gè)孢子在斜面或平板培養(yǎng)基上劃線分離，要求無菌操作。把接種的培養(yǎng)基在適溫、黑暗條件下培養(yǎng)3―4天可得純培養(yǎng)菌絲體。孢子分離法還有褶抹法、鉤懸法、粘附法。
2. 組織分離法：選擇優(yōu)良種菇，去雜，用75%酒精抹擦菌體，稍干，再用0.1%氯化汞抹擦菌體，用解剖刀從菇體底部輕輕縱向切一刀，然后用手把菇掰開。用解剖刀在菇柄與菇蓋之間或菇柄上部挑取0.2立方厘米的小塊組織，放入適當(dāng)?shù)男泵婊蚱桨迮囵B(yǎng)基上，在適溫、黑暗中培養(yǎng)3―4天，長出白色菌絲體即可，以上全部無菌操作。組織分離法還有菌核分離法、菌索分離法等。
3. 基質(zhì)分離：以菇木或耳木為例介紹。基質(zhì)是生育食用菌的木材。在產(chǎn)子實(shí)體的季節(jié)，選擇出菇良好，無病蟲害的菇木晾干，截取2厘米長的小段，放在0.1%氯化汞中浸1分鐘，再用無菌水沖洗2―3次，吸干水分。用解剖刀把木段四周切去，再把木段切成火柴枝大小的木枝，每木枝去兩頭，插入或平放在平板培養(yǎng)基內(nèi)，在適當(dāng)條件下3―5天長出菌絲體，即得母種，以上必須無菌操作?；|(zhì)分離還有土壤分離法、培養(yǎng)料分離法等。（華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 梁志慧）
