(一)畸形　蘑菇發(fā)生畸形，多數(shù)是由于溫差或不利的環(huán)境誘發(fā)的；也可能與所使菌株有關(guān)。畸形主要有以下幾種：
　　1.菌柄中空。菇床上的蘑菇看起來(lái)正常，但切掉菇腳，發(fā)現(xiàn)菌柄有一部分中空，在一個(gè)硬芯周?chē)ǔＳ幸粋€(gè)環(huán)形空腔。而后，菌柄切面可能裂開(kāi)再向后卷，使蘑菇失去美觀，質(zhì)量下降。這主要是出菇期空氣濕度低，菇體水分蒸發(fā)快，土層過(guò)干，子實(shí)體得不到水分造成的。
　　2.菌柄開(kāi)裂。菌柄豎直開(kāi)裂有時(shí)伴有水平開(kāi)裂，使菌柄裂片向上、下卷起。這是由于蘑菇先生長(zhǎng)在非常潮濕的覆土里，后覆土干燥，后再迅速提高覆土濕度而誘發(fā)形成的開(kāi)裂癥狀。 　　
   　 3.菌柄腫大。偶爾可見(jiàn)蘑菇菌柄腫大，可能在菌柄基部、中間或頂端。
 　   4.硬褶病。開(kāi)傘的病菇。從下向上看，顏色蒼白，菌褶很淺或不存在。如菌蓋破裂，則菌蓋通常顯得比平常厚。
　    5.丑形菇。子實(shí)體分化看起來(lái)模糊不清，經(jīng)常與秋季第一潮菇有關(guān)。不能正常發(fā)育而變成各式各樣的丑形菇，從瘤狀直至子實(shí)體形狀尚可分辨但菌蓋卻奇形怪狀。個(gè)別的子實(shí)體還可能連在一起。
　　(二)水漬病　蘑菇發(fā)病癥狀為清晰可見(jiàn)的進(jìn)水區(qū)，特別在菌柄，如將蘑菇揉擠，就會(huì)出水；而且有時(shí)成熟子實(shí)體會(huì)自發(fā)地流出大量清澈或有色的液體而后爛掉。