接種成活率低
　　原因：菌種過于老化或菌齡不足，尤其是母種接原種時(shí)，如遇培養(yǎng)基水分偏低，接種面水分損失嚴(yán)重時(shí)上述現(xiàn)象尤為明顯。
　　解決的辦法是：選用適齡優(yōu)質(zhì)母種（原種），注意觀察母種（原種）菌絲走勢，了解選用菌種的生產(chǎn)日期及配方等，配制培養(yǎng)基時(shí)要精確把握含水量，不可急于裝瓶裝袋，裝瓶裝袋過程中也要經(jīng)常測量培養(yǎng)基的水份，防止培養(yǎng)基水份不足或過量，從而造成“干袋”和“水袋”現(xiàn)象。
　　發(fā)菌速度緩慢
　　發(fā)菌期溫度過高、培養(yǎng)基濕度過高、裝袋過緊、母種（原種）質(zhì)量差。香菇菌種制作一般于6月底7月初，發(fā)菌期正處于7-8月的高溫季節(jié)，如遇連續(xù)高溫30℃以上，香菇菌種發(fā)菌速度明顯減慢甚至停滯，這時(shí)需要采用空調(diào)降溫以促進(jìn)香菇菌絲的正常生長；配制培養(yǎng)基時(shí)要精確把握含水量，不可急于裝瓶裝袋，裝瓶裝袋時(shí)要注意松緊適宜，裝得過緊影響培養(yǎng)基的透氣能力，造成缺氧而發(fā)菌緩慢；選用母種（原種）時(shí)要確保菌種質(zhì)量。
　　制袋接種成活率低
　　香菇菌種接種成活率及發(fā)菌速度正常，但在使用后，制袋成活率低。可能的原因有：香菇菌種老化或菌齡不足、菌種培養(yǎng)料配方不合理、菌種裝瓶或裝袋過松、制袋過松、人為操作失誤。
　　解決的辦法：及時(shí)使用已成熟菌種（如暫時(shí)不用可冷藏10-30天），制作菌種時(shí)應(yīng)選用適合的培養(yǎng)料，精確稱量各配方重量，裝瓶或裝袋不可過松，菌種過松在制袋接種時(shí)可造成菌種散碎，嚴(yán)重影響制袋時(shí)的接種成活率，制作栽培袋時(shí)不可過于松散，栽培袋過松影響接種的成活率，人為接種不熟練也影響菌種的成活率。
　　總而言之，香菇菌種制作過程中，只有對(duì)配料、裝瓶（袋）、滅菌、接種、發(fā)菌管理等環(huán)節(jié)正確把握，對(duì)含水量、裝料松緊度、發(fā)菌溫度等需要精確把握，才能生產(chǎn)出優(yōu)質(zhì)的香菇菌種，為生產(chǎn)制袋打好基礎(chǔ)。