一、蒸餾水法。適用于平菇、金針菇、香菇的苗種。保藏平菇、金針菇菌種，先將八成熟待保藏試管菌種移入接種箱內(nèi)滅菌后，用注射器從試管栓內(nèi)注入蒸餾水，將培養(yǎng)基面全部淹沒至管口2厘米為止。管口用礦蠟封閉，常溫下置于陰涼立放可以保藏1~1.5年。 
　　保藏香菇、木耳菌種，用150毫米×15毫米的指型管將培養(yǎng)至七分熟的固體或半固體試管種在接種箱內(nèi)無菌操作下，放入25毫米×200毫米的大試管內(nèi)，向大試管內(nèi)注入蒸餾水至管口1厘米處，封口用橡皮栓包好，并用礦蠟加固密封，置于陰涼處。木耳可保藏7~8個(gè)月，香菇可保藏9~12個(gè)月。
　　二、尿素暫存法。在避光、干燥通風(fēng)良好的放置袋裝尿素，將試管菌種主體埋在尿素顆粒中，試管口露在外面，可保藏菌種活力30天之多。此法在恒定低溫環(huán)境下即可進(jìn)行。
　　三、液體石蠟包藏法。選用化學(xué)液體石蠟，高壓滅菌后放入40℃恒溫箱中數(shù)小時(shí)或干燥中數(shù)日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟注入菌種試管。注入量應(yīng)高出斜面尖端1厘米左右，管口塞上棉塞并用石蠟封好。直立保藏在清潔、干燥、涼爽的低溫處可以保藏5年。
　　四、麩皮保藏法。取一定麩皮加水或營(yíng)養(yǎng)液后拌勻即可備用。將水麩皮裝入試管經(jīng)高溫滅菌后拌入菌種，放在適溫下培養(yǎng)，待菌絲體發(fā)育好后將試管放入室溫下進(jìn)行干燥，然后在20℃以下干燥出保藏，可保藏3~5年。
　　五、生理鹽水保藏法。將菌種接入馬鈴薯培養(yǎng)液中，每250ml三角瓶裝60ml培養(yǎng)液，振動(dòng)培養(yǎng)液或每天搖動(dòng)5~10次，培養(yǎng)5~7天，然后將形成的菌絲球吸入裝入5ml無菌鹽水的試管中，每管約移入4~5個(gè)菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口。低溫可保藏1年。
　　六、麥粒保藏法。取優(yōu)質(zhì)小麥淘洗后浸入20℃水中泡5小時(shí)，稍晾干后裝管。裝入量以管長(zhǎng)的1/4到1/3為宜。將裝有麥粒的試管滅菌后趁熱搖散，冷卻后接入菌絲體，在適溫下培養(yǎng)至大多數(shù)麥粒上出現(xiàn)稀疏菌絲時(shí)，終止培養(yǎng)。菌種可置于25℃以下干燥處保藏1~2年。
　　七、冰箱保藏法。將已經(jīng)長(zhǎng)好的試管菌種放于冰箱內(nèi)，置于保鮮層能保存7個(gè)月。菌種不退化。