《植物遺傳資源學(xué)報》的前身是中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物品種資源研究所和中國農(nóng)學(xué)會遺傳資源分會主辦的《作物品種資源》（1982年創(chuàng)刊），該刊共出版了17年發(fā)行70期，兩次入選全國農(nóng)作物、農(nóng)學(xué)類核心期刊（為第16位）。2000年改名《植物遺傳資源科學(xué)》，共出版3年12期，發(fā)表論文近120萬字。2002年11月8日國家科學(xué)技術(shù)部批準(zhǔn)《植物遺傳資源學(xué)報》創(chuàng)刊，主辦單位變更為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院和中國農(nóng)學(xué)會。2003年辦理了期刊出版許可證和ISSN國際統(tǒng)一刊號，重新設(shè)計封面，并改開本為大16開，頁碼增加到96頁。2006年主辦單位變更為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所和中國農(nóng)學(xué)會，頁碼增加到128頁。2007年對封面作了重新設(shè)計，內(nèi)頁全部為銅版紙印刷。 2002年第一屆編委會成立，編委會組成后，由正副主任輪流擔(dān)任各期的責(zé)任主編，在刊物質(zhì)量方面嚴(yán)格把關(guān)。2006年第2屆編委會成立，并于11月17日召開了第一次會議，編委會主任萬建民、顧問董玉琛和主編劉旭在會上講話，對學(xué)報的發(fā)展寄予厚望。

　　經(jīng)過編輯部全體工作人員的共同努力，《植物遺傳資源學(xué)報》在稿件數(shù)量和質(zhì)量方面都有較大提高，2003年被科技部西南信息中心“中文科技期刊數(shù)據(jù)庫”收錄，被中國科學(xué)技術(shù)信息研究所和北京萬方數(shù)據(jù)股份有限公司“萬方數(shù)據(jù)-數(shù)字化期刊群”全文收錄，被“中國核心期刊(遴選)數(shù)據(jù)庫”收錄；入選“中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫”統(tǒng)計源期刊。

　　2004年公開發(fā)行，同年榮獲全國優(yōu)秀農(nóng)業(yè)期刊學(xué)術(shù)類二等獎，影響因子0.323。

　　2005年度影響因子0.872，被《中國生物學(xué)文摘》和中國生物學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫收錄。

　　2006年榮獲全國農(nóng)業(yè)期刊金犁獎學(xué)術(shù)類二等獎；影響因子0.873；被中國學(xué)術(shù)期刊文摘（中文版）收錄。

　　2007年影響因子0.941。

　　2007年2月被中國科學(xué)院文獻(xiàn)情報中心、中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫收錄為中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(CSCD)核心期刊；6月被中國科學(xué)技術(shù)信息研究所收錄為中國科技核心期刊（中國科技論文統(tǒng)計源期刊）。

　　2008年進(jìn)入全國中文核心期刊。

　　2009年進(jìn)入中國科技核心期刊和全國中文核心期刊，影響因子已達(dá)到1.015。